过去的几十年中，抗菌药物在世界范围内有大规模的应用，许多国家抗菌药物的使用呈每年上升的趋势，2010 年 7 大类抗菌药物共消费约 700 亿单剂量，约相当于每人 10 片（粒/茶匙），且不论男、女，还是儿童。
这种现状很大的程度上是因为公众和一些健康专家认为抗菌药物是完全安全的。公众对于抗菌药物的认识仅仅是存在轻微的、自限性的反应，例如皮疹等。医生知道一些严重但是少见的副反应，但是大部分都认为风险近乎为零，在使用中通常不考虑。
还有一个原因是抗菌药物耐药成本的问题，这种影响通常是针对整个社会而不是针对某一个个体，因此通常不影响临床决策。家长们期望安全有效的治疗他们患病的孩子，却并不关心单单一个人的用药是否会影响整个人类的未来。通常他们的医生也是认同这一点的。针对这一现状，Blaser 教授在近期出版的 SCIENCE 杂志上进一步讨论了一些其他方面的影响。
追根溯源
当抗菌药物开始用于治疗人类和动物的感染以后不久，农民就开始给牲畜的食物和饮水中添加低剂量的抗菌药物来促进其生长。抗菌药物暴露越早，这种影响就越大。这些观察结果提供了一个非常重要的线索，就是抗菌药物的暴露可以影响代谢的过程。
但是其在农业中的使用对于人类健康会造成何种影响？一种可能的结果是，我们在孩子小的时候使用抗菌药物治疗感染可以影响他们成长过程中的代谢。最近这些年，科学家正在探索这个问题的答案，并且寻找到结果基本一致。
青少年儿童的观察研究、临床研究、流行病学研究都提供证据证明抗菌药物的暴露可以增加体重，但是也与一系列疾病的风险增加相关，包括：肥胖、1 型和 2 型糖尿病、炎症性肠病、腹腔疾病、过敏和哮喘。试验模型提供的进一步证据证明，这些抗菌药物和这些疾病不仅仅是相关，而是病因。
小鼠的研究表明，抗菌药物的暴露干扰了生命早期的体内微生态形成，导致代谢紊乱，从而影响体重和骨骼的生长，并改变了正常的免疫过程。
各种证据表明，这种风险的增加在年纪越低的儿童中是越大的。但是 2 岁以内的孩子恰恰抗菌药物使用最密集。
有一个新的概念提出，抗菌药物的这种对某一个个体的影响可能是不断累积，并且流行病学和试验资料都支持这一点。有一种假设是，抗菌药物的使用造成了微生物群落中一些物种的丢失，特别是对于一些数量比较少的物种，但是它们可能具有重要的代谢作用。进一步的假设是，我们的微生物群落遗传自我们的母亲，环境对于微生态的影响（包括抗菌药物和膳食的暴露）可能会在传代过程中累积。
事关未来
抗菌药物对于医疗保健非常重要。很难想象没有抗菌药物作为保护伞人类该如何保持健康。但是从业者们在进行治疗决策的时候没有充分考虑到抗菌药物使的生物学成本。对于生物学成本认识的出现肯定会要求调整其在临床中的使用。我们必须清楚认识到，真实的成本不仅包括抗微生物药物对于微生态的作用，也包括对孩子的成长造成的后果。
我们需要针对特定的病原体开发出更精准的药物，最小程度地降低对不必要的共生微生物物种的损害，从而保护微生物群落结构和功能，而不是地毯轰炸似的使用广谱抗菌药物。
未来的研究方向是基于我们对于细菌基因和基因组学的了解，我们应当开发窄谱的针对单一明确病原体的药物。这也要求有新的诊断试验出现，从而准确经济地分辨细菌和病毒究竟是定植还是感染。再进一步根据宿主不同的要求制定更加个体化的抗菌治疗策略。另外，缩短治疗的疗程是另一个途径。
我们是否可以建立健康儿童粪便标本的「银行」，在每次使用抗菌药物之前保存起来？或者根据治疗前后微生物的变化来找出一些关键生物，然后在未来适当的情况下处方这些明确的符合药物治疗标准的益生菌来进行替代治疗？
我们也在学习其他药物如何通过预期以外的方式影响微生态。例如，二甲双胍是一种广泛用于治疗 2 型糖尿病的药物，对于微生物也有重要的影响。这可能是因为二甲双胍的抗微生物活性，它可以影响短链氨基酸的代谢而不是直接作用于组织。
然而，没有什么其他药物像抗菌药物一样重要，因为实际上世界范围内所有的儿童都有使用抗菌药物的病史。因为它们具有抗菌活性，有很强的选择性，并且可以改变微生物群落结构。抗菌药物的暴露可以增加代谢和肿瘤疾病以及获得性耐药的风险。并且其过度使用增加了社会和个人未来健康的成本。我们必须控制抗菌药物的过度使用，但是这只能稳定目前的现状并不能逆转已经造成的恶化。
我们可能需要恢复人类传代中抗菌药物使用造成的生物多样性的损失。这个目标应当是恢复到以前的状态，可以使用益生菌替代人类在发育途径中重要的消失和/或灭绝的物种或菌株。
这将成为关乎人类健康的非常重要的一个研究方向，需要更多研究来加以论证。
