莱姆病的临床特征包括游走性皮肤红斑、面神经瘫痪、关节炎症、以及周围神经病变等。在疾病流行区域，有皮肤红斑的患者可临床诊断为莱姆病；如患者不在疫区，可根据患者可能暴露史、临床表现和2次血清学检查阳性来进行诊断。
慢性莱姆病（chronic Lyme disease）是少数医师给出的一种诊断标准宽松的疾病分类，这些医师往往还不是传染病学专科医师。慢性莱姆病患者可有若干非特异性症状，且无莱姆病的客观证据。对慢性莱姆病进行非传统治疗方法常带来不良预后，此外还容易造成误诊，使得患者真实患有的疾病反而得不到治疗。
因此，“慢性莱姆病”这一概念一直以来都受到各种质疑和争论。近期在JAMA Internal Medicine杂志上发表了三个病例报道，原诊断为“慢性莱姆病”均为误诊，患者实际是患有癌症：一例为垂体瘤；一例为粘膜相关淋巴组织淋巴瘤IV期（患者居住地罕见莱姆病）；第三例是肺癌。
其实不仅仅是肿瘤会被误诊和漏诊，也有报道称肌萎缩侧索硬化（ALS）、多发性硬化（MS）、狼疮病和其它疾病被误诊为“慢性莱姆病”的例子。有鉴于此，美国疾病控制中心的Christma Nelson博士认为：“我们并非要求所有出现如疲乏感、关节痛、腹痛等非特异症状的患者都去积极接受肿瘤筛查；与之相反，我们只是希望能在这些疑诊为慢性莱姆病的病例中，诊断能够不要那么仓促。”
