研究表明，口咽癌发病率的升高主要发生在发展中国家年幼同期出生人群中，这归因于HPV口咽癌发病率的升高，主要是因为HPV-16的感染，而HPV-16在所有HPV阳性的口咽癌中占了约90%。目前，只有美国的3项大型研究检测了健康人群口腔HPV的流行率及口腔黏膜HPV。然而，最近的研究显示，正常人群的口腔区含有高度流行的皮肤HPV型，并且它们与皮肤损伤相关。
在资源贫瘠地区，只有为数不多的研究报道了口腔HPV的流行情况。在拉丁美洲，只有5个小型研究（小于250人）和1个大型研究（只有男性，约1000人）检测了口腔HPV流行率，但结果不一，且对HPV-16的流行或相关危险因素的研究甚少。为了检测哥斯达黎加口腔HPV（包括粘膜型和皮肤型）的流行率，来自马里兰国家癌症研究所的Krystle A. Lang Kuhs等人进行了一项研究，研究结果在线发表于2013年9月6日的Journal of Infectous Diseases。研究发现，年轻女性口腔中常见皮肤型HPV。
研究共涉及了马斯达黎加22-29岁的对照组和手臂HPV-16/18疫苗接种者，共5838名女性，研究者收集了她们的口腔、宫颈以及肛门样本，检测其中的α粘膜型HPV，其中一部分样本还进行了α、β、γ、μ及ν属中的HPV型检测。
结果显示，在对照组中，有1.9%检测出口腔α粘膜HPV，1.3%有致癌性HPV，0.4%有HPV-16；在疫苗接种组中的非HPV-16/18型的情况与对照组相似。对照组中，关于任意口腔α粘膜HPV的独立危险因素包括婚姻状况、性伴侣数量、慢性鼻窦炎和宫颈HPV感染。βHPV常见（18.6%）且与性活动无关。
总之，与皮肤HPV型不同的是，α粘膜HPV型在口腔区不常见，且主要与性行为相关。
