2013年12月5日，Medscape邀请了美国约翰霍普金斯大学医学院荣誉教授Bartlett对2013年感染病学领域最重要的临床实践变化研究进展进行总结，现将主要内容编译如下。
1.抗生素耐药
⑴国家规划
尽管人们认识到抗生素耐药的危害性已超过十年，但美国仍无全国性的规划来应对抗生素耐药。欧盟已经系统收集了26个国家15年有关抗生素使用和特定病原体耐药的数据，并有以协调方式解决耐药问题的12点计划和预算。
印度是许多耐药微生物的来源因而成为全球关注焦点，尽管受到巨大的经济和健康问题的挑战，印度也发布了针对抗生素耐药的国家规划。
⑵耐药相关的优先权
美国CDC最近发布了有关抗生素耐药的报告，并确定耐药相关需要优先“紧急”处理的3大细菌：产碳青霉烯酶肠杆菌科细菌、难辨梭状芽孢杆菌、耐药淋球菌。
一旦这些“坏细菌”在医疗设施中定植，医疗服务成本可能升高，病人转诊可能存在问题，医疗设施的形象可能受到损害，并存在承担责任的风险。
⑶黏菌素
耐药和新型抗生素缺乏的问题导致人们开始寻找“万能药”来治疗泛耐药革兰阴性菌感染。许多临床医生一直在寻找美国食品和药物管理局（FDA）于1961年批准的黏菌素或多粘菌素相关药物。
这是唯一对许多高度耐药革兰阴性菌起作用的药物，但其有关其使用的数据却不多见，包装说明书推荐的剂量似乎已经过时，对于“异质性耐药”需要抗生素伴侣，且毒副作用常见。目前一项研究报告其推荐剂量的肾毒性可达60％，所以迫切需要新型的抗生素。
2.新检测法、新病原体和中东呼吸综合征冠状病毒
⑴新微生物检测法
从1850年首次使用海藻（琼脂）生产培养基方法到分子生物学方法被引入病原体检测，微生物学检测法的变化日新月异。
FDA现已批准的核酸扩增试验（NAATs）针对多种病毒（麻疹、腮腺炎、人类偏肺病、，鼻病毒、冠状病毒、肠道病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、流行性感冒、西尼罗河病毒、单纯疱疹病毒、人类乳头状瘤病毒、狂犬病病毒、巨细胞病毒）。
已批准NAATs针对的细菌包括淋球菌、沙眼衣原体、肺炎支原体、军团菌、艰难梭菌、柯克斯体、伯氏疏螺旋体、埃立克体、结核分枝杆菌、A/ B/C和G组链球菌。
在临床诊疗中最常遇到的细菌更具挑战性，因其是常见共生菌群的一部分，如肺炎球菌和大肠杆菌。当使用定量检测或从正常无菌部位重新获得时，其检测才具有恰当的临床意义（如血液、胸膜液或活检标本）。
该技术目前在血培养中使用。该技术的优点是检测快速（1-2小时，而非传统培养所需的36-48小时），灵敏度和特异性非常高。其可能被视为微生物领域150年来最大的进步，但管理和检测结果的解释也是至关重要的。
⑵新病原体
感染病领域在常规发现以前未知病原体时具有一定的独特性，最近新发现的病原体包括：
- 米米病毒：巨大的革兰氏阳性病毒，可能是导致肺炎的罕见原因；
- miyamotoi疏螺旋体：主要在英格兰南部发现的蜱传螺旋体所致的莱姆病样疾病，可通过血清学检测诊断且可用强力霉素治疗；
- 土壤腐生性霉菌：新检测到的二相性真菌，在南非13例晚期艾滋病患者中导致显著皮肤损害的播散性感染；
- 肠道慢生根瘤菌：导致干细胞移植受者的脐带结肠炎综合征。
⑶新发MERS-CoV
最初在中东地区新发的中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）已感染138人，其中死亡60人（43%）。重要的是MERS-CoV可以人传人，且已在原疫区外检测到发病病例。现担心这种冠状病毒与严重急性呼吸道综合征（SARS）行为类似，导致全球传播。
因此，应对检测、报告以及隔离不明原因的严重呼吸道感染患者，以及近期前往阿拉伯半岛或有此地旅游史患者的接触者进行警告。美国CDC已经发布了相关诊断测试法，但目前尚无有效的抗病毒治疗药物。
3.流行病
2013年流行病的亮点主要为以下3个方面。
⑴小儿感染
小儿感染包括麻疹（认为2000年可以被根除的疾病）和百日咳，2013年共有41880例小儿感染报道病例。2个感染病之间最大的区别是：大多数麻疹患者未接种过疫苗，而百日咳病例主要发生在已接种过疫苗的人群中。
因此，要关注百日咳疫苗接种方案的不足之处。2012-2013年，美国拒绝接种疫苗的儿童患者只有1.8%，大大低于许多人所认为的比例。
⑵食源性疾病暴发
2013年，科罗拉多州农场李斯特菌污染的哈密瓜导致143人住院，33人死亡。沙门氏菌污染的火鸡涉及28个州，导致278人感染，1人死亡。
沙门氏菌是食源性疾病暴发最常见的原因，但在有些病例中，几种抗生素耐药被认为反映了农业中抗生素的滥用，使得“从农场到餐桌”过程在耐药问题中被关注。
⑶真菌感染
2013年美国爆发的真菌性脑膜炎，导致18个州741人患病，55人死亡。美国有7500家复利药店，而这些药店并不符合显示安全性，有效性，正确的剂量标签的要求。自2001年以来至少3次脑膜炎流行根源在于复利药店，显然需要采取治理行动。
4.流感
流感仍是一个危险致命的感染性疾病，如甲型H1N1猪流感。2013年最关注的流感为H5N1和H7N9。确认H5N1病毒16年来，报告病例大约733例，病死率为59%。H7N9约发病133例，病死率为28%。
鸟类是这两种病毒的天然宿主，但他们有很大的区别：H5N1在鸟类中是致命的感染，而H7N9鸟类感染后无症状，使得消除感染源几无可能。
基于从猪流感所得知的经验，在某种程度上，H5N1和H7N9可能很容易成为全球流行病。在不确定的未来，痛苦的流行病经历和公认不理想的抗病毒药物及疫苗，将使流感成为应优先关注的公共卫生问题。
5.微生物组
在美国国立卫生研究院资助的一个大型多中心的研究中，使用分子生物学方法（16S核糖体RNA）确定了300人15个解剖位置的菌群。该工作现在已产生350亿“reads”（美国国立卫生研究院网络中心报道的计数微生物数量的术语）。每个解剖部位和个人都具有独特的菌群，抗生素对这些菌群有重大影响，某些模式与不同的疾病状态有关。
微生物组的研究将对共同病理状态概念打开新的大门，如心血管疾病、过敏、肥胖、炎症性肠道疾病、癌症和糖尿病。对这个过程的理解，需要抛弃单一病原体引起疾病的古老的科赫假设。相反，应将重点放在生物群落之间的信息交流的群体中。
该研究可能会改变常见疾病的基本概念，并提示抗生素和益生菌可用于预防或治疗多种不被常规定义为传染病的疾病状态。例如，在啮齿类动物中的研究表明，抗生素可改变心血管疾病的风险，早期研究亦表明该结论也适用于人类。利用粪便移植来控制复发性艰难梭菌感染（CDI）是对该理论的行之有效的实践。
6.难辨梭状芽孢杆菌感染
由于耐药率的不断上升，美国CDC的耐药报告将难辨梭状芽孢杆菌被列为3大主要威胁微生物之一。美国每年有大约25万难辨梭状芽孢杆菌感染病例和1.4万死亡病例。在过去2-3年中重要的新进展是：
- 非达霉素作为FDA批准推出的第二大治疗药物，与口服万古霉素（可降低复发频率）相比可显著获益；
- 如果不切实际，beagle“吸气试验”可作为作为一个近乎完美的诊断方法；
- 回肠造口术作为难治性病例的手术治疗的新方法，具有大幅减少手术死亡率和保留直肠的优点；
- 基于全基因分析的新的流行病学数据显示，预防的主要方法对于抗生素的控制胜于对感染的控制；
- 粪便移植治疗复发性CDI是微生物组理论的实际应用，自1958年应用以来已取得较好的结果。
粪便移植手术可以由供体粪便标本通过鼻饲管、灌肠或结肠镜检查方式完成，最近使用24-34个新鲜粪便供体标本口服颗粒给药取得很好的效果。目前最大的问题是粪便作为药物需要向FDA进行研究性新药申请并将粪便移植作为收费诊疗项目。
