尽管大于95%的HBV新感染成人不会突破自限性急性感染而发生进展，但多数接触病毒的新生儿和儿童会发展成慢性感染。这些患者中慢性感染的最早阶段的特征有高水平的病毒复制、血清中出现HBVe 抗原（HBeAg）以及肝转氨酶正常或稍微升高。这就是免疫耐受期，通常持续20-30年，在此期间，大部分患者没有明显的疾病活动或疾病进展。
治疗指南将活跃的肝炎症或升高的肝转氨酶血清水平作为开始治疗的标准。然而，对于免疫耐受期的患者来说，谷丙转氨酶（ALT）也许并不是疾病活动的可靠标志，部分患者可能有间歇性的ALT升高，逃过了常规的临床监测。
因此，尽管还没有对免疫耐受期患者的治疗推荐，但是如果有肝癌或肝硬化家族史或患者年龄大于30岁的都应该考虑肝活检，因为在此年龄发生肝癌和肝硬化的风险增加。
恩替卡韦和替诺福韦可有效治疗慢性乙肝。最近的研究强调了特别是在肝硬化患者中达到病毒完全抑制的重要性，恩替卡韦治疗后不完全的病毒抑制发生肝相关并发症和HCC的风险较高。
为评估替诺福韦酯（TDF）和安慰剂或TDF/恩曲他滨(FTC)联合治疗对免疫耐受期的慢乙肝患者的效果，来自香港中文大学的Henry L.Y.Chan及其同事对此进行研究。发现TDF联合恩曲他滨对免疫耐受期中的慢性乙肝患者有较好的病毒抑制效果，该研究发表在2014年5月的Gastroenterology上。
在此双盲研究中，核苷（酸）初治患者具有高水平的HBV DNA，HBeAg阳性，谷丙转氨酶水平正常，研究者随机将患者分成口服TDF（300mg）和安慰剂组（n=64）或TDF（300mg）和恩曲他滨（200mg,n=62）组，治疗持续192周。主要研究终点为192周时血清HBV DNA低于69 IU/mL患者所占的比例。
研究的人群（平均年龄为33岁；89%为亚洲人）感染的病毒类型主要为B型和C型HBV（93%），99%为HBeAg阳性，且HBV DNA的平均基线水平为8.41 log10 IU/mL。192周时，HBV DNA 低于69 IU/mL患者在TDF+安慰剂组和TDF+恩曲他滨组中比例分别是55%（35/64）和76%（47/62）。
未发现患者对治疗有病毒耐药性。有3例患者发生HBeAg血清转阴，且都在TDF加安慰剂组；无患者丢失HBsAg 。多元分析发现，女性患者和TDF恩曲他滨治疗有更好的病毒学反应相关。两种方案的耐受性良好。
研究结果认为，在HBeAg阳性、高病毒载量以及正常谷丙转氨酶的慢乙肝患者中，尽管TDF和恩曲他滨联合治疗的HBeAg血清转阴率和乙肝病毒表面抗原丢失率低，但其抑制病毒效果优于TDF单药治疗。
